감사원은 부산, 인천, 울산 등 전국 3개 항만공사가 조직과 인력 측면에서 비효율적으로 운영되고 있다며 지난 1월 21일 국토해양부에 통합 방안을 강구할 것을 통보했다고 밝혔다. 감사원은 울산항만공사 등에 대한 기관운영감사 결과 보고서를 통해 "국토해양부에서 항만별로 각각 공사를 설립해 운영함으로써 항만공사의 평균 임원비율이 공기업 평균에 비해 24배나 높은 등 조직과 인력이 비효율적으로 운용되고 있다"는 점을 지적했다. 감사원은 3개 항만공사를 통합할 경우 항만별 화물량 조율 및 재정 부담 완화 효과가 있다고 밝혔다. 감사원은 "부산항의 컨테이너 물량은 적정 하역능력의 130%에 달한다"면서 "공사를 통합하면 부산항의 적체된 컨테이너 화물을 하역능력의 30%밖에 활용하지 못하고 있는 광양항에서 처리할 수 있다"고 설명했다. 아울러 "여수ㆍ광양항만공사로 전환할 예정인 한국컨테이너부두공단에 대한 출연금 4천900억원과 항만사업비 2천460억원 등 정부의 재정부담도 덜 수 있는 것으로 분석됐다"고 덧붙였다. 한편 감사원은 한국컨테이너부두공단이 광양항 컨테이너전용부두의 불법 조선소 시설물에 대해 소극적으로 대응하고 있다면서 관리를 소홀히 한 업무담당자를 문책할 것을 요구했다.