톤세제도(tonnage tax system)란 해운기업이 영업이익이 아닌 운항한 선박의 순톤수와 운항일수를 기준으로 일정률의 톤세율을 곱해 산출한 추정이익에 대해 법인세율을 적용, 조세를 부과하는 제도를 말한다. 지금까지는 일반 기업과 마찬가지로 영업이익에 법인세율을 곱해 산정해 왔다. 하지만 톤세제도가 도입되더라도 비해운부문소득에 대해서는 법인세가 과세된다. 따라서 톤세를 선택한 기업이라 하더라도 非 해운부문소득에 대해서는 계속해서 법인세를 납부해야 한다. 톤세의 산출에 있어서 추정이익에 법인세율(순톤수×톤당이익×운항일수)을 곱해 계산되며, 순톤수는 선박이 여객과 화물을 실을 수 있는 공간을 말한다. 톤세제가 도입된 이후 톤세를 선택한 기업의 경우 5년 동안 톤세가 적용되며, 톤세를 선택하지 않은 기업에게는 법인세가 그대로 적용되는 한편, 기업들이 원할 경우 언제든지 세무당국에 톤세제의 적용을 신청함으로써 톤세제를 적용 받을 수 있다. 또한 톤세제 적용선박은 외항해운기업이 운항하는 모든 선박이 가능하며, 국적선은 물론 외국적 용선도 톤세의 적용을 받을 수 있다. 한편, 톤세제도 적용대상 업체는 외항운송사업을 하는 83개이며, 정부는 톤세제와 기존 제도 중에서 선택하도록 할 방침이다. [톤세제 도입 FAQ] 1. 톤세제도는 언제부터 시행되며 1차 적용기간은 언제부터 언제까지인가 2005년 1월 1일부터 시행되며 2005.1.1∼2009.12.31 까지가 1차 적용기간이다.(12월 결산법인의 경우) 또한 2005년도 과세분부터 톤세를 적용받기 위해서는 12월 결산법인의 경우 2006년 3월 31일까지 톤세 선택신고를 해야 한다. 2. 2005. 1. 1부터 선사가 반드시 관리해야 할 사항은 용선의 경우 국제톤수증서 사본을 반드시 확보해야 한다. 또한 용대선계약을 명확하게 하여 용대선일자가 입증돼야 한다. 특히 상기 서류는 톤세 신청 또는 세무서의 요구가 있으면 언제든지 제출해야 하며, 정기 세무감사시에도 당연히 제출해야 한다. 3. 톤세는 매년 신고해야 하는가 법인세 납부 신고시 매년 신고해야 하며, 톤세적격기업의 확인을 위해 매년 해양수산부의 확인을 받아 관할 세무서에 용대선 신고를 해야 한다. 4. 소유선박을 대선한 경우에도 톤세를 내야 하는가 대선한 경우 선박소유자와 용선자 모두 동일한 톤세를 내야 하며, 당해 선박은 톤세를 2번 내야한다. 5. 이자소득은 해운소득인가 비해운소득인가 해운활동과 관련해 발생한 이자소득은 해운소득이며 투자활동으로 인한 이자 소득은 비해운소득이다. 특히 해운소득에 해당하는 이자는 원천징수된 세금으로 절차가 종료되며, 비해운소득에 해당하는 이자는 법인세법이 적용된다.(원천징수후 비해운소득으로 처리) 6. 외화환산손익, 외화환차손익은 해운소득인가, 비해운소득인가 해상활동과 관려해 발생하는 외화환산손익, 외화환차손익만 해운소득으로 인정된다. (자료: 한국선주협회)