대 권역 물류기지가 지난 2005년, 2007년 감사원의 조사를 받은 것으로 드러났다. 이유는 각각 화물운송정보서비스 시스템이 부실했고, 3500억원이 투입된 호남권 물류기지(장성ICD)의 경우 물량이 채워지지 않아 감사를 받은 것으로 밝혀졌다. 먼저 2005년 10월 13일 감사원 건설물류감사국은 ‘물류 정보화, 표준화 등 물류체계 개선사업 추진실태’라는 감사결과를 공개했다. 당시 감사원이 감사한 자료에 따르면 수 조, 수 천억원 대의 물류시설을 건설했는데 화물운송정보서비스 시스템이 제대로 이뤄지지 않아 물류 거점기능을 수행하기 어렵기 때문에 물류 창출이 이루어지지 않았다고 결론을 내렸다. (화물운송정보서비스란 운송업체에서 화물 반출입 예정시간을 미리 통보하면 그 시간에 맞춰 화물 하역장비를 해당 화물 위치에 보내 사전 준비를 하고 화물차가 게이트를 통과하면 즉시 화물을 상하차하해 물류 처리시간을 단축하는 시스템이다) 이후 감사원은 99억원 상당의 시스템이 부실 개발된 점을 근거로 김모 건교부 사무관 외 1명과 정모 해수부 서기관 외 1명을 징계하도록 요구했다. 아울러 물류 관련 부처가 물류시스템을 개선할 수 있도록 T/F팀을 구성해 사업계획을 조정하라고 조치를 내렸다. 또한 5대 권역 물류기지 중 3500억원이 투입된 호남권 물류기지(장성ICD)를 감사한 것으로 확인됐다. 물류업계의 하 전문가느 “2007~2008년 당시 감사원 직원들이 호남권 물류기지가 예산을 엄청들여 놨는데 물동량이 없는게 이상하다며 감사를 해야 할 것 같은데 물류에 대한 지식이 전반적으로 부족하니 설명 좀 해달라고 부탁했다. 그래서 나는 호남권 물류기지는 입지적, 접근성 상 물량을 끌어올 수 없는 곳이기 때문에 타당성 조사가 의아하다고 설명해줬다”고 밝혔다. 그는 이어 “호남권 물류기지와 광양항까지 도로로 몇 시간이 채 안 걸리고, 근처에 다른 철도CY들이 잘 운영되는데 과연 호남지역의 화주들이 이곳을 이용할지 의문이라고 설명했다”고 말했다. 한편, 감사원의 호남권 물류기지 감사 자료는 찾을 수 없었다. 감사원 측은 “감사 중간에 일정이 변경될 수 있고, 중간 관리자가 변경되는 경우가 있다”고 설명했다.